В соответствии с программой полета Международной космической станции 15 февраля в 07:45 по московскому времени с пусковой установки №6 площадки №31 космодрома Байконур запланирован пуск ракеты-носителя «Союз-2.1а» с транспортным грузовым кораблем «Прогресс МС-16». После двухдневного путешествия, 17 февраля примерно в 9:20 по московскому времени, он в автоматическом режиме причалит к стыковочному модулю «Пирс».
Госкорпорация «Роскосмос» проведет прямые трансляции отправки и прибытия грузового корабля.
Целью полета является доставка на борт Международной космической станции топлива, воды и других грузов, необходимых для дальнейшей эксплуатации станции в пилотируемом режиме. В грузовом отсеке также находится ремонтно-восстановительный комплект, состоящий из набора армирующих накладок с клеевым соединением, предназначенных для временной герметизации обнаруженных дефектов корпуса переходной камеры cлужебного модуля «Звезда».
На орбите прибытия грузового корабля ожидают космонавты «Роскосмос» Сергей Рыжиков и Сергей Кудь-Сверчков, астронавты NASA Кэтлин Рубинс, Майк Хопкинс, Шеннон Уокер и Виктор Гловер и японский астронавт Соичи Ногучи.